Основные публикации отдела с 2000 года
1. Фархшатов М. Н. Самодержавие и традиционные школы башкир и татар в начале ХХ века (1900-1917 гг.). Уфа: Гилем, 2000. 144 с.
2. Западные башкиры по переписям 1795-1917 гг. / Сост. Асфандияров А.З., Абсалямов Ю.М., Роднов М.И. [Сборник документов]. Уфа: Китап, 2001. 712 с.
3. Материалы по истории Башкортостана. Уфа: Китап, 2002. Т. 6: Оренбургская экспедиция и башкирские восстания 30-х годов XVIII в. / Авт.-сост. Н.Ф. Демидова; под ред. Н.В. Устюгова; отв. за выпуск Ю.М. Абсалямов. 766 с.
4. Роднов М.И. Крестьянство Златоустовского уезда по переписи 1917 года. Уфа, 2002.
5. После революции (документы по истории антиправительствен¬ного движения и деятельности правоохранительных органов в Уфимской губернии в конце 1907 – первой половине 1914 годов). Сборник документов / Сост. Роднов М.И. Уфа, 2002.
6. Роднов М.И. Крестьянство Уфимской губернии в начале ХХ века (1900-1917 гг.): социальная структура, социальные отношения. Уфа: ДизайнПолиграфСервис, 2002. 312 с.
7. Фархшатов М.Н. Галимджан Таган в эмиграции: Биографический очерк. Уфа: Гилем, 2003. 169 с.
8. Река времени. 2004. Сборник статей / Ответ. редактор М.И. Роднов. Уфа, 2005.
9. Хрестоматия по истории Северного Башкортостана. Часть I. Материалы по истории края с древнейших времён до 1917 года: Сборник документов и материалов / Сост. М.И. Роднов. Уфа, 2005.
10. История Башкортостана во второй половине XIX – начале XX века: В 2 т. / Отв. ред. И.М. Гвоздикова и М.И. Роднов. Уфа: Гилем, 2006-2007.
11. Фархшатов М.Н. (автор-составитель). «Дело» башкирского шейха Зайнуллы Расулева: Царское правительство и суфизм (Сборник документов). Уфа, 2008.
12. Роднов М.И., Дегтярёв А.Н. Хлебный рынок Уфимской губернии в конце XIX – начале XX века. Уфа, 2008.
13. Ширгазин А.Р., Калимуллина Д.Б. Памятники архитектуры ислама г. Уфы. Вып. 3. Уфа, 2008.
14. Ширгазин А.Р., Калимуллина Д.Б. Уфа. Памятники исламской архитектуры. Уфа, 2008.
15. Башкирское войско в польском походе (1771-1773) / Отв. редактор, руководитель группы составителей, автор предисловия И.М. Гвоздикова. Уфа, 2009. 178 с.
16. Валеев М.А. Власть, либеральное общество и революционное движение в 1905-1907 гг. на примере губернского города Уфы. Уфа, 2009. 140 с.
17. Материалы по истории башкирского народа. Т. IV (1800-1903 гг.) / Сост. Ю.М. Абсалямов и др. Уфа, 2009.
18. Роднов М.И. Крестьянство Белебеевского уезда по переписи 1920 года: этнический состав / Институт этнологии и антропологии РАН. М., 2009. 121 с.
19. Роднов М.И. Судьба редактора. Историко-документальная повесть. Уфа, 2009.
20. Роднов М.И. У истоков уфимской прессы, вкупе с прогулками по старинной Уфе и просторам Башкирии. Уфа, 2009. 172 с.
21. Шейх Зайнулла Расулев: Власть и суфизм в пореформенной Башкирии (Сборник документов) / Сост. М.Н. Фархшатов. 2-е, доп. изд. Уфа, 2009. 356 с.
22. Отчет Оренбургского военного губернатора В.А. Перовского по управлению краем (1833-1842). Документальная публикация / Составитель, автор введения, примечаний и приложений И.М. Гвоздикова. Уфа, 2010. 124 с.
23. Роднов М.И. Крестьянство Стерлитамакского уезда по переписи 1917 года. Уфа, 2010. 132 с.
24. Роднов М.И. Свет из Петербурга. Уфа, 2010. 158 с.
25. Гвоздикова И.М. Гражданское управление в Оренбургской губернии в первой половине ХIХ в. (1801-1855 гг.). Уфа: Китап, 2010. 384 с.
26. Игнатьев Р.Г. Собрание сочинений (Уфимский и Оренбургский периоды) / Сост. М.И. Роднов. Оренбург, 2011. Т. 1: 1859-1866 годы. 230 с.
27. История башкирского народа: В 7 т. Уфа: Гилем, 2010. Т. 5: 1900-1940 гг. / Редкол.: М.Н. Фархшатов и др. 468 с.
28. История башкирского народа: В 7 т. Уфа: Гилем, 2011. Т. 3: Вторая половина XVI-XVIII в. / Редкол.: И.М. Гвоздикова и др. 476 с.
29. История башкирского народа: В 7 т. СПб.: Наука, 2011. Т. 4: XIX век / Редкол.: Ю.М. Абсалямов и др. 400 с.
30. Тагирова (Сайфуллина) Л.Ф. Кантонные начальники Башкирии: Национальная региональная элита первой половины XIX века. Уфа, 2011. 163 с.